Setelah pertarungan dahsyat mereka, Godzilla dan Kong harus bersatu kembali melawan ancaman besar yang belum ditemukan yang tersembunyi di dunia kita, yang menantang eksistensi mereka – dan eksistensi kita sendiri.
Sinopsis Film
Di Hollow Earth, Kong tengah dikejar oleh sekelompok monster bernama Wartdogs. Saat terpojok di tepi jurang, Kong berhasil menjebak dan menjatuhkan para pengejarnya. Namun, karena giginya yang sakit, dia tak mampu memakan mangsanya. Suara raungan yang terdengar ternyata berasal dari seekor kodok raksasa, membuat Kong kembali merasakan kesendirian.
Di dunia luar, Dr. Ilene Andrews berusaha keras agar Godzilla dan Kong tidak bertemu. Godzilla sendiri berperan menjaga keseimbangan dunia dengan membasmi monster yang mengganggu ketentraman. Di Roma, monster Scylla mengamuk hingga Godzilla melumpuhkannya menggunakan sinar atom, lalu menjadikan Colosseum tempat beristirahatnya.
Para ilmuwan di Hollow Earth mendeteksi energi besar di wilayah Kong, menyebabkan runtuhnya lubang di tempat Kong mengalahkan Wartdogs. Ilene mendapat kabar ini dari Director Hampton. Sementara itu, Ilene yang baru mengadopsi Jia, anak yang mampu berkomunikasi dengan para Titan, harus mengantar Jia ke sekolah yang membuatnya merasa canggung. Tak lama, markas para peneliti di Hollow Earth dihancurkan oleh Titan misterius.
Ilene pergi ke Miami menemui Bernie Hayes, seorang ahli teori konspirasi tentang Titan, dan memintanya membantu memahami penglihatan Jia. Bernie setuju dengan syarat ikut ke Hollow Earth.
Energi aneh kembali muncul dan dirasakan Godzilla. Dia meninggalkan Roma menuju sumber energi itu. Kong keluar dari Hollow Earth menemui Ilene dan Jia, menunjukkan gigi sakitnya. Ilene menghubungi Trapper, dokter hewan Monarch, yang kemudian mencabut gigi Kong dan menggantinya dengan gigi logam.
Bernie memberi tahu Ilene bahwa ada sinyal bahaya dari Hollow Earth. Ilene, Bernie, Trapper, Jia, dan pilot Mikael mengikuti Kong ke Hollow Earth.
Godzilla pergi ke pembangkit nuklir di Prancis untuk menyerap radiasi demi memperkuat diri, sementara jet tempur mencoba menembaknya tapi gagal. Di markas, Hampton khawatir Godzilla menuju Kutub Utara untuk menghadapi Titan lain bernama Tiamat, dan jika Godzilla membunuhnya, kekuatannya akan bertambah besar.
Di Hollow Earth, rombongan Ilene menemukan reruntuhan markas peneliti dan mayat berlumuran darah, tanda pertarungan. Kong menemukan lubang runtuhan dan bertemu Suko, seekor kera kecil. Suko menyerang Kong dan memanggil tiga kera lain untuk bertarung. Setelah perkelahian sengit, Kong menang dan Suko setuju menjadi pemandu.
Pesawat Ilene terganggu energi misterius, harus mendarat di hutan. Saat menyusuri hutan, Mikael diserang monster pohon dan dimangsa. Mereka berlari dan menemukan reruntuhan kuil kuno untuk Mothra. Jia membuka pintu masuk rahasia ke dunia bawah.
Kong dibawa Suko ke danau, tapi tiba-tiba diserang ular raksasa. Dalam pertarungan sengit, Kong memenggal ular itu dan memakannya bersama Suko, yang ternyata menjebaknya.
Monarch melacak Godzilla dan menyaksikan pertarungannya melawan Tiamat, yang kemudian “dimakan” dan diserap energinya oleh Godzilla.
Ilene dan tim bertemu suku Iwi, yang mengaku Jia keturunan mereka dan satu-satunya yang bisa membangkitkan Mothra. Mereka dibawa ke kuil megah dan belajar sejarah suku: dulu kera besar melindungi manusia, tapi Skar King memimpin pasukan kera menyerang permukaan, berperang melawan Godzilla. Godzilla memenjarakan Skar King dan pasukannya di Hollow Earth.
Kong bertemu kera-kera yang dipaksa bekerja keras oleh Skar King. Kong melawan pengawal Skar King yang menyiksa kera lain. Skar King menertawakan Kong dan bertarung dengannya, memanggil Titan es bernama Shimo sebagai senjata rahasia.
Shimo menyerang dengan embusan es yang membekukan lengan Kong. Kong melarikan diri dan menjebak para pengejarnya di reruntuhan batu. Suko membantu Kong pergi.
Ilene dan teman tinggal bersama suku Iwi, membuka penghalang ke dunia mereka. Suko kembali ke markas kera untuk memata-matai.
Kong menunjukkan kesedihan pada Jia karena kehilangan rumahnya. Trapper memberi tahu Ilene tentang teknologi “Operation Powerhouse” untuk memberi Kong kekuatan tambahan dengan sarung tangan B.E.A.S.T. yang ditemukan di markas Monarch. Setelah dipasang, sarung tangan itu mengembalikan kekuatan Kong.
Suko melaporkan Skar King sudah bergerak. Kong pergi ke permukaan menarik perhatian Godzilla. Skar King memimpin pasukannya menyerbu suku Iwi dengan Shimo.
Godzilla, yang baru menyerap kekuatan Tiamat, bangkit dengan sinar merah muda di punggung. Kong muncul dari portal di Kairo. Mereka bertarung hebat menghancurkan piramida Mesir. Kong memakai sarung tangan untuk melawan Godzilla.
Suku Iwi melakukan ritual membangkitkan Mothra, yang muncul dan menghentikan pertarungan. Godzilla dan Kong berhenti menyerang, lalu sama-sama mengaum.
Skar King menghancurkan penghalang dunia Hollow Earth dengan Shimo. Godzilla dan Kong bekerjasama melawan Skar King dan Shimo, pertarungan berlangsung di udara. Setelah hentakan gravitasi berhenti, para Titan jatuh ke permukaan.
Di pantai Rio de Janeiro, Skar King membekukan bangunan dengan es dan menyerang. Kong melawan, walau kesulitan karena Shimo. Godzilla menghancurkan cambuk dan kristal pengendali Shimo yang menyebabkan kekacauan. Suko menghancurkan kristal tersebut, melepaskan kendali Shimo.
Kong menyelamatkan Suko dari serangan Skar King dan bertarung dengan Godzilla melawan Skar King yang akhirnya dibekukan dan dihancurkan.
Pertarungan selesai, Godzilla kembali beristirahat di Colosseum. Mothra memperbaiki pelindung Hollow Earth. Ilene dan Jia berpisah dengan Trapper dan Bernie, Jia memilih tetap bersama Ilene.
Kong menjadi pemimpin baru kera besar, mengangkat kapaknya dan mengaum sebagai tanda kekuasaannya.